故事发生在清朝年间，皇帝病重，需要用小活佛体内的舍利子方能医治。得知此事的五王爷找到了少林寺方丈，命他交出小活佛，方丈不从，五王爷出兵血洗了少林寺。受方丈所托，欣宜（李若彤 饰）带着福仔（胡斌 饰）、神通（周天龙 饰）和纯子（陈卓 饰）等十八个小和尚踏上了逃亡的旅途，小活佛就在他们其中。　　知道

　　清朝时，少林寺图谋反清复明，为清兵所剿灭，少林子弟星散，清廷鹰犬紧追不舍……少林俗家弟子方世玉（季天笙 饰）与师叔至能大师与荒漠之中躲避清兵，偶遇从良妓女豆豆（李若彤 饰），三人于乱世相识，方世玉对豆豆一见钟情。清兵围堵三人，至能惨死，世玉和豆豆被带回红莲寺。红莲寺在神公（黄锦江 饰）掌控下逼迫

　　洛听从习武的师傅遗言，著他到少林寺武，并替他取回一件从前留下的食物，但不能给少林寺僧人知道。　　已还俗的无为大师一直想取得少林寺中的一幅藏宝图于当年一分为三，一份在无为手中，一份为元空保存，另一份无为相信是在不还俗师弟的女儿小红手中。小红当了修女，无为欲得藏宝图，派杀手捉小红。 红在回教堂途中遇

　　袁世凯（何家驹 饰）为登基称帝笃信邪教，教主赠送玉扳指佑其成功，岂料袁世凯将扳指送给四王爷之三公主沈玉（李嘉欣 饰），并计划立她为皇后。教主令袁世凯收回扳指，与此同时，潜伏袁世凯身边的孙文革命军干部杨君（刘德华 饰）掳走沈玉以阻止袁登基。李督军（刘家辉 饰）自此奉袁世凯之名沿途追索杨、沈二人，杨